Abidal begann mit dem Fußball in der Jugendmannschaft von Lyon Duchère, der Mannschaft der Stadt Lyon, in der er geboren wurde. Er begann seine Profikarriere in Monaco am 16. September 2000 in Monaco.
Der Fußballspieler, der hier 25 Ligaspiele bestritt, wechselte nach Trainer Claude Puel, der 2002 zum Lille-Team wechselte, nach Lille. Abidal, der in dieser Mannschaft ebenfalls an 62 Spielen teilnahm, wechselte 2004 zum Verein Olimpik Lyon aus seiner Heimatstadt Lyon. Der Fußballer, der hier dreimal hintereinander die französische Meisterschaft gewann, spielte Seite an Seite mit wichtigen Spielern wie Grégory Coupet, François Clerc, Anthony Réveillère, Cris und Caçapa in der Abwehrmitte.
Am 17. Januar 2007 erzielte er sein erstes Tor für Olympique Lyon gegen Le Mans im Halbfinale der Coupe de la Ligue. Im selben Jahr, am 30. Juni, wurde er für eine Ablösesumme von 9 Millionen Euro zum FC Barcelona transferiert. Der Spieler, der einen Vierjahresvertrag unterzeichnete, wählte die Nummer 22, weil das Trikot mit der Nummer 20, das er für das Lyoner Team trug, von Deco gekauft wurde.